دکتر مصطفي چمران، در همان هفته اولي که جنگ تحميلي آغاز شد، با حدود سي نفر از مرداني که با وي در نبردهاي کردستان شرکت داشتند، با قطار به اهواز آمد. او ستاد عملياتي خود را در دانشگاه اين شهر تشکيل داد تا عملاً کار مقابله با تهاجم همه جانبه ارتش بعثي به سرزمين‌هاي ايران را آغاز کند. چمران پيشتر با دستور حضرت امام خميني ـ رضوان الله تعالي عليه ـ به کردستان رفته و نقش مهمي در انهدام گروه‌هاي مسلح وابسته به صدام در آن ديار ايفا کرده و با شجاعت‌هاي خود، شهر پاوه را از محاصره دشمن نجات داده بود. او بر اين باور بود که اگر اعلاميه امام و درخواست ايشان از مردم و نيروهاي مسلح براي حرکت به سوي شهر پاوه نبود، ما در پاوه شکست خورده بوديم. او قدر انقلاب اسلامي و حاکم شدن مکتب اسلام را در ايران به خوبي درک مي‌کرد، زيرا طعم تلخ نداشتن حکومت مردمي را در لبنان چشيده و با چشم خود، حملات اسرائيل را به مردم بي‌پناه فسطين و لبنان ديده بود. وي زماني به اهواز آمد که ترس تصرف شهر از سوي دشمن مي‌رفت و ارتش و سپاه و مردم، همه در پي راهي براي مقابله با دشمن بودند. او چند شبي را در محله گلستان در جنوب اهواز و در نزديکي خط مقدم در منزل دوستش، شيخ علي شوشتري گذراند؛ شخصي که مغازه‌اي داشت که آن را مغازه «صلوات» مي‌ناميدند، زيرا بر بالاي مغازه‌اش نوشته بود: «اللهم صل علي محمد و آل محمد». دکتر چمران، ستاد عمليات جنگ‌هاي نامنظم را با کمک انسان‌هايي با انگيزه و داوطلب از همه نوع و از سراسر کشور فعال کرد تا با شيوه خود و با تاکتيک‌هاي چريکي به مصاف دشمن برود. البته شيوه جذب نيروي انساني شهيد چمران، که از همه ‌گروه‌‌ها، افراد رزمنده را مي‌پذيرفت، مورد اعتراض برخي از کساني که معتقد بودند افراد مؤمن‌تر بايد در سازمان‌هاي رزمي شرکت کنند، قرار مي‌گرفت، ولي چمران بر اين باور بود: هرکس که آماده دفاع در برابر تهاجم ارتش صدام است، مي‌تواند در جبهه حضور يابد و جزو همراهان رزمنده وي قرار گيرد. او از درد و رنج و سختي جبهه و جنگ استقبال مي‌كرد و بر اين باور بود که درد، دل آدمي را بيدار مي‌کند، روح را صفا مي‌دهد، غرور و خودخواهي را نابود مي‌کند، نخوت و فراموشي را از بين مي‌برد و انسان را متوجه وجود خود مي‌کند و ارزش هر انساني به ‌اندازه درد و رنجي است که در راه خدا تحمل کرده است. دکتر چمران در آن زمان، نماينده مجلس و از طرفي، نماينده حضرت امام خميني ـ رضوان الله تعالي عليه ـ در شوراي عالي دفاع هم بود. در اوايل پيروزي انقلاب اسلامي و در دوره دولت موقت، مدتي نيز وزير دفاع بود. در همان روزهايي که او با تمام وجود در جبهه‌هاي جنوب حضور يافته بود، برخي از افراد و نمايندگان مجلس از وي خواسته بودند تا به مجلس بازگردد و در تدوين قوانين مناسب، فعال شود، ولي چمران به آنان گفت: «خدايا، تو شاهد باش که من ميدان رزم را بر نشستن بر صندلي مجلس ترجيح مي‌دهم». او حتي در ميدان جنگ هم به سنگرهاي مطمئن يا پايگاه‌هاي نظامي داراي دفاع نسبتـاً مناسب نرفت، بلکه با شجاعت فوق‌العاده‌اي که داشت، مرتب در خط مقدم درگيري با دشمن حاضر مي‌شد و با تمام قدرت در زير رگبار گلوله‌هاي دشمن، با خصم مي‌جنگيد و پايداري خود را نشان مي‌داد. چمران بهتر از هر کسي، معني «جنگ»، «اشغال»، «آوارگي»، «دشمن» و «مقاومت» را مي‌دانست و پيشتر در صف مقدم جبهه عليه اسرائيل و در جريان جنايات غاصبان بي‌رحم فلسطين، مفهوم اين لغات را به خوبي دريافته بود. چمران پس از تحصيل در رشته فيزيک هسته‌اي، تصميم گرفت به قدس شريف برود و عليه اسرائيل بجنگد. او براي آزادي قدس، پاي به خاک لبنان گذاشت و توانست در کنار امام موسي صدر قرار گيرد و به همراه ‌ايشان جنبش حرکت محرومان لبنان را پايه‌گذاري كند. چمران در اين ايام با سفر به فلسطين و مصر، توانست جنگ‌هاي چريکي را فراگيرد تا در کنار مقاومت مردم لبنان باشد. چمران پس از آغاز جنگ تحميلي و حضور در جبهه‌هاي جنوب، شرايط آن روز کشور را ارزيابي کرده و دريافته بود که نمي‌توان تنها با تکيه بر توان ارتش موجود، با دشمن مقابله کرد و ارتش بعثي را از تهاجم بازداشت. در آن دوران، ارتش ايران با مشکلات عديده‌اي؛ از جمله مسئله فرماندهي، ساختار، سازمان و مسائل روحي ـ رواني روبه‌رو بود و نياز به يک بازسازي اساسي داشت تا بتواند با ديدگاه‌هاي جديدي، خود را سازمان داده و وارد عمل عليه دشمن شود. از طرفي، چنانچه حتي اين مشکلات هم براي ارتش وجود نداشت استعداد و قدرت سازماني آن نسبت به توان رزمي دشمن کمتر بود، به ويژه از نظر تعداد يگان‌هاي زرهي و مکانيزه، نسبت به دشمن در شرايط نامساعدتري بود. چمران همانند بسياري ديگر از فرماندهان و برجستگان دفاع مقدس، به ‌اين نتيجه رسيده بود که بايد در برابر برنامه گسترده دشمن، قدرت عظيم مردم را وارد صحنه نبرد کرد تا توازن قوا پديد و امکان غلبه بر دشمن فراهم آيد، براي همين، با آموزش افراد داوطلب، آنان را در گروه‌هاي کوچک چريکي سازماندهي کرده و به محورهايي که ارتش بعثي در حال پيشروي بود، اعزام مي‌کرد تا بتواند در کنار ارتش و سپاه و ديگر رزمندگان، جلوي تهاجمات دشمن را گرفته نگذارد شهرهاي بزرگي چون اهواز و سوسنگرد به تصرف دشمن درآيند. او خود هميشه اسلحه بر دوش داشت و در خط مقدم جبهه حضور مي‌يافت و با دشمن از نزديک درگير مي‌شد. چمران يک چريک واقعي بود و نحوه جنگيدن با دشمن و نيز شيوه جنگ تن به تن را به خوبي مي‌دانست و بر اين باور بود که تنها با تکيه بر روش‌ها و تاکتيک‌هاي کلاسيک ـ که معمولاً ارتش‌هاي منظم در نبردها به کار مي‌برند ـ نمي‌توان با دشمني که با قدرت انبوه آتش و با يگان‌هاي زرهي و مکانيزه متعدد در دشت‌هاي خوزستان براي اشغال سرزمين ايران به سرعت مي‌تازد، مقابله و او را متوقف كرد. شبيخون زدن به واحدهاي دشمن و انجام جنگ‌هاي پارتيزاني و آرام نگذاشتن دشمن، يکي از تاکتيک‌هايي بود که چمران عارف با کمک مردان جنگي‌اش عليه دشمن انجام مي‌داد. او به قدري در جنگيدن با دشمن مصمم بود که ‌اين روحيه و اطمينان به نفس را به هم‌رزمانش تزريق مي‌کرد و به اين ترتيب، روح سلحشوري را در ميان ديگران مي‌دميد و با نترسيدن از مرگ، روش چگونه جنگيدن با دشمن را در ميدان نبرد به ديگران مي‌آموخت و به نيروهايش توصيه مي‌کرد تلاش كنند تا سلاح و مهمات و حتي غذايشان را از دشمن بگيرند. دکتر چمران در روزهاي نخست جنگ تحميلي، نيروهاي خود را در جبهه‌هاي اطراف اهواز و سوسنگرد از جمله محورهاي نوَرد، طراح و کرخه نور گسيل داشته بود و خود متناوب در اين جبهه‌ها حاضر مي‌شد و با دشمن به صورت رو در رو و از نزديک مي‌جنگيد. چمران فردي ورزيده‌اي و از نظر جسمي بسيار قوي بود و يك رزمنده به تمام معنا و بسيار چابک و ورزشکار بود. در ورزش‌هاي صبحگاهي با اسلحه مي‌دويد و ديگران را آنقدر مي‌دوانيد که همه رزمندگان را از نفس مي‌انداخت. دوره‌هاي کامل چريکي را ديده بود و مي‌توانست يک تنه بجنگد. از دشمن نمي‌ترسيد و خيلي خوب تيراندازي مي‌کرد و با شجاعت تمام با نيروهاي دشمن مي‌جنگيد. يک بار در نبرد با ارتش صدام در جاده حميديه ـ سوسنگرد مجروح شد و با پاي زخمي به يک کاميون ارتش بعثي حمله کرد و آن را با سرنشينانش به تصرف خود درآورد و با آن کاميون به عقب برگشت و نفرات آن را نيز اسير کرد. چمران در نجات سوسنگرد، نقش مهمي داشت؛ زماني که ارتش صدام، يگان‌هاي زرهي و مکانيزه خود را براي محاصره شهر سوسنگرد گسيل داشته بود، اين چمران بود که توانست با نيروهاي چريکي‌اش به تيپ زرهي دشمن حمله کند و جلوي تهاجم آنان را بگيرد و با کمک رزمندگان سپاه و ارتش، شهر سوسنگرد را از محاصره ارتش دشمن درآورد. چمران در عين حال، انساني يکپارچه صفا، محبت، صميميت و مهرباني بود؛ اهل تظاهر و مطرح کردن «خود» نبود، هرچند سخنان زيبايي مي‌گفت و مطالب عارفانه جالبي مي‌نوشت. دکتر چمران آنچه را که مي‌گفت و مي‌نوشت در عمل خود پياده مي‌کرد. نگاه چمران به جهاد، نگاهي هنرمندانه بود. او خود، الگوي يک مجاهد هنرمند است. چمران به امام خميني ـ رضوان الله تعالي عليه ـ عشق مي‌ورزيد و او را با تمام وجود دوست مي‌داشت. امام هم به او علاقه‌مند بود. علاقه امام به وي را مي‌توان از نوشته ‌ايشان در شهادت دکتر چمران دريافت. امام خميني، چمران را «سردار پرافتخار اسلام»، «مجاهد بيدار و متعهد راه تعالي و پيوستن به ملأ اعلي»و «معلم متعهد» مي‌دانستند. ايشان در پيامي که در اول تير ماه سال1360 به مناسبت شهادت دکتر مصطفي چمران چنين مرقوم فرمودند: «او با سر افرازي زيست و با سرافرازي شهيد شد و به حق رسيد. هنر آن است که بي‌هياهوي سياسي و خودنمايي‌هاي شيطاني، براي خدا به جهاد برخيزد و خود را فداي هدف کند نه هوي، و اين هنر مردان خداست. او در پيشگاه خداي بزرگ با آبرو رفت. روانش شاد و يادش به خير». برخي بزرگان مانند شهيد آيت‌الله سيد اسدالله مدني(ره)، او را «مالک اشتر امام خميني» مي‌ناميد، زيرا وي در اوايل آغاز جنگ تحميلي، توانست با تمام قواي فکري و جسمي اش به مقابله با تجاوز بعثيان بپردازد. چمران خداي بزرگ را که لذت معراج را بر روحش ارزاني داشت، شکر مي‌گذاشت و خود، مصداق کساني بود که خداوند آنان را دوست دارد و مي‌فرمايد: «ان الله حب الذين يقاتلون في سبيله صفاً کانّهم بنيانٌ مَرصوص» (سوره صف ـ آيه 4). چمران هميشه مي‌خواست مظهر فداکاري و شجاعت باشد و پرچم شهادت در راه خدا را به دوش خويش کشد. او احساس مي‌کرد که ‌اين دنيا، ديگر جاي او نيست و مي‌خواست که تنها با خداي خود باشد و از خداوند بزرگ مي‌خواست او را در جوار رحمتش سکني دهند و سرانجام نيز اينچنين شد و او پس از گذشت حدود نه ماه از آغاز جنگ تحميلي در جبهه جنوب و در حين حضور در خط مقدم در دهلاويه و در 31 خرداد ماه سال 1360 به فوز عظيم شهادت و به آرزوي بزرگ خويش رسيد. «روحش شاد و راه امامش پر رهرو باد».